10%~50% 的女性及15%~50% 的男性虽有阴道毛滴虫感染，但可无临床症状或症状不明显，有些感染者则有明显的阴道炎、尿道炎的症状和体征。

人毛滴虫感染者可能出现腹泻症状，以腹泻儿童感染率最高。口腔毛滴虫感染者可能出现牙周炎、牙龈炎、龋齿等口腔疾患。

1、阴道毛滴虫感染

女性感染可能引起阴部强烈瘙痒或烧灼感，白带增多等，此为最常见症状。另外，可能有阴道分泌物增多，呈灰黄色、泡状、有臭味，也可能有呈乳白色的液状分泌物。当伴有细菌感染时，白带呈脓液状或粉红状。当毛滴虫侵及尿道时，可有尿频、尿急和尿痛等症状。可能出现下腹部不适。男性感染可能引起尿频、尿急、尿痛、夜尿、尿道刺激、产生尿道分泌物、排尿困难等症状，前列腺炎及触痛和附睾炎较少见，有可能导致男性不育。

2、人毛滴虫感染

人毛滴虫感染主要症状是腹泻、腹痛、腹胀、恶心、呕吐、厌食、乏力、腹泻便秘交替、消瘦，严重者可引起脱水。粪便为糊状、稀水状、泡沫状或带有黏液。人毛滴虫在腹泻患者中的检出率是健康人的几倍甚至十几倍，也有人认为腹泻是与本虫感染相伴，并非本虫所致。

3、口腔毛滴虫感染

口腔毛滴虫感染与牙周炎、牙龈炎、龋齿等口腔疾患发病相关，常与齿槽化脓同时存在。还可以引起少见的肺、气管、扁桃体、舌苔、乳腺、上颌窦、心包、胸膜等其他脏器口腔毛滴虫感染。